Le Laboratoire Nicolas Garnier est impliqué dans différentes collaborations scientifiques, tant dans le domaine de la chimie que de l'archéologie :

- Ecole Normale Supérieure de Paris Ulm, Département d'Archéologie (AOROC, UMR ...)

- Laboratoire des Etudes Sémitiques Anciennes, Collège de France, Paris (LESA, UMR ...)

- Université des Sciences et Technologies de Lille (USTL, UMR ...)

- Maison Méditerranéenne des Sciences de l'Homme, Aix-en-Provence (MMSH, UMR ...)

Différents programmes de recherche et formations d'étudiants ont été établis avec l'Institut Français du Proche-Orient (IFPO) à Amman, Damas et Beyrouth, ainsi qu'avec la King Saud University de Ryadh.

De 2003 à 2007, N. Garnier enseignait la physique et la chimie aux étudiants restaurateurs de l'Institut National du Patrimoine (INP Saint-Denis).